Comic shops

GROBER UNFUG - Torstrasse 75

MODERN GRAPHICS - Oranienstrasse 22

BLACK DOG COMICS - Rodenbergstrasse 9

ROMAN UND COMICLADEN - Ebertystrasse 22

ROMAN BOUTIQUE - Martin-Luther-Strasse 95

RENATE (comics library) - Tucholskystrasse 32

Also just emailed the publishers of Biografiktion who suggested some bookstores/galleries which sell independent comics, zines etc...

http://www.neurotitan.de/

im Haus Schwarzenberg
2. Hof, 1. Obergeschoss
Rosenthalerstraße 39
10178 Berlin 

http://www.supalife.de/

Raumerstrasse 40, 10437 Berlin 

http://www.lepetitmignon.com/

Flughafenstr. 38, Eg rechts
12053 Berlin

http://www.bongoût.com/

Torstrasse 110
10119 Berlin